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Populations 1.2.28 (12/5/2002) Logiciel de g�n�tique des populations (distances entre individus ou populations, arbres phylog�n�tiques) Fonctionnalit�s T�l�chargement Distances calcul�es Formats Utilisation en ligne de commande ligne de commande Bibliographie D�tails des formules utilis�es Fonctionnalit�s Prise en charge des g�notypes haplo�des, diplo�des ou n plo�des (voir formats d'entr�e) Prise en charge de populations structur�es (voir formats d'entr�e, cas des populations structur�es Pas de limite sur le nombre de populations, de locus, ou d'alleles par locus (voir formats d'entr�e) Calcul de distances entre individus (15 m�thodes de distance disponibles) Calcul de distances entre populations (15 m�thodes de distance disponibles) Bootstrap sur les locus OU sur les individus Reconstruction d'arbres phylog�n�tiques (individus ou populations), par Neighbor Joining ou UPGMA (au format PHYLIP) Calcul de la diversit� all�lique sur des �chantillons r�duits Conversion de formats de fichiers (Genepop, G�n�tix, Msat, Populations) T�l�chargement Populations, 1.2.28 (12/5/2002) Copyright (C) 1999, Olivier Langella, CNRS UPR9034 Ce programme est libre, vous pouvez le redistribuer et/ou le modifier selon les termes de la Licence Publique G�n�rale GNU publi�e par la Free Software Foundation (version 2 ou bien toute autre version ult�rieure choisie par vous). Ce programme est distribu� car potentiellement utile, mais SANS AUCUNE GARANTIE, ni explicite ni implicite, y compris les garanties de commercialisation ou d'adaptation dans un but sp�cifique. Reportez-vous � la Licence Publique G�n�rale GNU pour plus de d�tails. Vous devez avoir re�u une copie de la Licence Publique G�n�rale GNU en m�me temps que ce programme ; si ce n'est pas le cas, �crivez � la Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307, Etats-Unis. Auteurs Olivier Langella, CNRS UPR9034 Paquet Debian GNU/Linux : populations_1.2.28-1_i386.deb Paquet RPM GNU/Linux (RedHat ou Mandrake) : populations-1.2.28-2.i386.rpm Sources : populations-1.2.28.tar.gz Pour Windows : populations.exe Note aux utilisateurs de Debian GNU/Linux Pour compiler "populations", t�l�charger les sources .tar.gz, et utiliser ces commandes en root: tar xvfz populations-1.2.28.tar.gz cd populations-1.2.28 ./configure make make install Distances DAS, shared allele distance (Chakraborty et Jin., 1993) Nei, minimum genetic distance, Dm (Nei,1987) Nei, standard genetic distance, Ds (Nei, 1987) Cavalli-Sforza and Edwards, Dc (1967) Nei et al's, Da (1983) Latter, Fst (1972) Prevosti et al.'s, Cp (1975) Rogers', Dr (1972) Reynolds J. unweighted, Dru (1983) Reynolds J. weighted, Drw (1983) Reynolds J. least squares, Drl (1983) Distances microsatellites Goldstein et al., dmu2 (1995a) Average Square Distance ( ASD, Goldstein, Slatkin 1995) Shriver et al's, Dsw (1995) Lev A. Zhivotovsky, DR (1999) Formats - entr�e - sortie en entr�e Populations peut lire les formats: - Genepop - G�n�tix Et le format propre � Populations, qui permet de traiter un nombre illimit� d'all�les, et sur des populations haplo�des, diplo�des... ou N plo�des (en s�parant les all�les par ":"). exemple pour des populations diplo�des: "Grape populations in southern France" ADHLocus1 ADH#2 ADHthree ADH-4 ADH-5 Pop Montpellier Montpellier1 , 02:01 03:03 01:02 03:02 10:11 Montpellier2 , 02:02 03:01 01:02 03:03 11:11 Montpellier3 , 01:02 04:01 02:02 01:02 10:10 Montpellier4 , 01:03 02:02 01:01 02:02 10:11 Montpellier5 , 02:03 02:04 01:01 01:02 10:10 POP Gigondas Gigondas1 , 01:02 02:02 02:01 04:05 08:07 Gigondas2 , 01:02 02:01 02:01 04:05 03:07 Gigondas3 , 02:01 02:03 01:01 05:05 04:02 Gigondas4 , 02:01 03:03 03:01 03:03 06:03 Gigondas5 , 01:01 02:01 03:01 05:05 08:07 exemple pour des populations haplo�des: "Grape populations in southern France" ADHLocus1 ADH#2 ADHthree ADH-4 ADH-5 Pop Montpellier Montpellier1 , 02 03 01 03 10 Montpellier2 , 02 03 01 03 11 Montpellier3 , 01 04 02 01 10 Montpellier4 , 01 02 01 02 10 Montpellier5 , 02 02 01 01 10 POP Gigondas Gigondas1 , 01 02 02 04 08 Gigondas2 , 01 02 02 04 03 Gigondas3 , 02 02 01 05 04 Gigondas4 , 02 03 03 03 06 Gigondas5 , 01 02 03 05 08 exemple pour des populations haplo�des, en utilisant des noms d'all�les alphanum�riques (sans espaces): "Grape populations in southern France" ADHLocus1 ADH#2 ADHthree ADH-4 ADH-5 Pop Montpellier Montpellier1 , all2 03 01 03 10 Montpellier2 , all2 03 01 03 11 Montpellier3 , all1 04 02 01 miss Montpellier4 , all1 02 01 02 10 Montpellier5 , all2 02 01 01 10 POP Gigondas Gigondas1 , all1 02 02 04 08 Gigondas2 , all1 02 02 04 miss Gigondas3 , all2 02 01 05 04 Gigondas4 , all2 03 03 03 06 Gigondas5 , all1 02 03 05 08 cas des populations structur�es: Les formats d�crits ci-dessus sont valables, il suffit d'indiquer derri�re le mot cl� "POP" un nom en forme de chemin de fichier. exemple: exemple de populations structur�es locus1 locus2 locus3 POP Rennes/immeuble_sud/pop_3emeetage ind1, (description des individus) ind2, ... ind3, ... ind4, ... POP Rennes/immeuble_sud/pop_2emeetage ind1, (description des individus) ind2, ... ind3, ... ind4, ... Formats de sortie Populations peut �crire des fichiers dans les formats suivants: Genepop G�n�tix Populations Lea Immanc microsat Admix (G. Bertorelle) Fstat (Jerome Goudet) Les arbres g�n�r�s sont export�s au format "PHYLIP", lisible par : Treeview & par "Treeplot". Note: "treeplot" permet de convertir les fichiers Phylip en Adobe illustrator, PostScript, Gif... et de colorier automatiquement les individus en fonction de leur population. Les matrices de distances peuvent �tre lues par Excell, Phylip, xgobi, NTsys. Utilisation en ligne de commande On peut maintenant utiliser "Populations" en ligne de commande pour produire des arbres phylog�n�tiques. il suffit de taper: populations nom_du_fichier_de_donn�es -"arguments" Les arguments disponibles sont les suivants: -phylogeny ind ou pop (par d�faut) pour faire des arbres phylog�n�tiques sur les individus ou sur les populations -dist m�thode (par d�faut, Nei standard, Ds) pour choisir la m�thode de distance utilis�e parmi ces possibilit�s: DAS, Dm, Ds, Dc, Da, dmu2, Fst, Cp, Dr, ASD, Dsw, Dr, Dru, Drw, Drl. voir distances calcul�es construct m�thode (par d�faut, upgma) avec au choix: upgma ou nj (Neighbor Joining) -bootstrap_ind nombre pour indiquer le nombre de bootstrap que vous voulez effectuer sur les individus (indisponible si l'on a choisi l'argument -ind) -bootstrap_locus nombre pour indiquer le nombre de bootstrap que vous voulez effectuer sur les locus -output nom_de_fichier_treeview pour indiquer le nom du fichier de sortie (au format treeview) -level nombre , dans le cas de populations structur�es, permet d'indiquer le niveau sur lequel on d�sire faire l'arbre de m�tapopulations. exemple de commande: populations toutc2.txt -phylogeny pop -dist Dm -bootstrap_locus 10000 -output toutc2_10000_Dm.tre On peut placer ces commandes dans un fichier .bat (pour DOS) ou un script (pour linux). Bibliographie Bruce Ranala and Joanna L. Mountain. Detecting immigration by using multilocus genotypes. Proc.Natl. Acad. Sci. USA, 94:9197-9201, 13/6/1997. David B. Goldstein, Andres Ruiz Linares, Luigi Luca Cavalli-Sforza and Marcus W. Feldman. An Evaluation of Genetic Distances for Use With Microsatellite Loci. Genetics, 139:463-471, 5/10/1994. D. B. Goldstein and D. D. Pollock. Launching Microsatellites: A Review of Mutation Processes and Methods of Phylogenetic Inference. Journal of Heredity, 88(335-342):0022-1503, 31/3/1997. Li Jin and Ranajit Chakraborty. Estimation of Genetic Distance and Coefficient of Gene Diversity from Single-Probe Multilocus DNA Fingerprinting Data. Mol. Biol. Evol, 11(1):120-127, 13/9/1993. Mark D. Shriver, Li Jin, Eric Boerwinkle, Ranjan Deka, Robert E. Ferrel and Ranajit Chakraborty. A Novel Measure of Genetic Distance for Highly Polymorphic Tandem Repeat Loci. Mol. Biol. Evol, 12(5):914-920, 13/4/1995. Montgomery Slatkin. A Measure of Population Subdivision on Microsatellite Allele Frequencies. Genetics, (139):457-462, 19/6/1994. Naruya Saitou and Masatoshi Nei. The Neigbhor-joining Method: A New Method for Reconstructing Phylogenetic Trees. Mol. Biol. Evol, 4(4):406-425, 18/2/1987. Naoko Takezaki and Masatoshi Nei. Genetic Distances and Reconstruction of Phylogenetic Trees From Microsatellite DNA. Genetics, (144):189-399, 6/6/1996. William J. Bruno, Nicholas D. Socci and Aaron L. Halpern. Weighted Neigbhor Joining: A Likelihood-Based Approach to Distance-Based Phylogeny Reconstruction. Mol. Biol. Evol, 17(1):189-197, 11/10/1999. |

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