Find Pathways By Xref — findPathwaysByXref • rWikiPathways
Description: Retrieve a list of pathways containing the query Xref by identifier and system code.

# Find Pathways By Xref

Source: `R/findPathwaysByXref.R`
`findPathwaysByXref.Rd`

Retrieve a list of pathways containing the query Xref by identifier and system code.

    findPathwaysByXref(identifier, systemCode)

## Arguments

identifier | (`character`) The official ID specified by a data source or system
systemCode | (`character`) The BridgeDb code associated with the data source or system, e.g., En (Ensembl), L (Entrez), Ch (HMDB), etc. See column two of https://github.com/bridgedb/BridgeDb/blob/master/org.bridgedb.bio/resources/org/bridgedb/bio/datasources.txt.

## Value

A `list` of lists

## Details

Note: there will be multiple listings of the same pathway if the Xref is present mutiple times.

## Examples

    {
    findPathwaysByXref('ENSG00000232810','En')
    }#> [[1]]
    #> [[1]]$score
    #> [[1]]$score$`0`
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    #> [1] "source"
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    #> [[2]]$fields$id.database$name
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    #> [[2]]$fields$source$name
    #> [1] "source"
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    #> [1] "https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP4329"
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    #> [[2]]$fields$x.id$name
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    #> [1] "ENSG00000232810:En"
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    #> [[3]]$fields$graphId$name
    #> [1] "graphId"
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    #> [[3]]$fields$id.database$name
    #> [1] "id.database"
    #>
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    #> [1] "org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttps://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP4329"
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    #> [1] "source"
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    #> [1] "https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP4329"
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    #> [[3]]$fields$x.id$name
    #> [1] "x.id"
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    #> [[3]]$fields$x.id.database$name
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    #> [1] "miRNAs involvement in the immune response in sepsis"
    #>
    #> [[3]]$species
    #> [1] "Homo sapiens"
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    #> [1] "101725"
    #>
    #>
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    #> [[4]]$score$`0`
    #> [1] "0.3954063"
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    #> [[4]]$fields$id.database$name
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    #> [[4]]$fields$indexerId$name
    #> [1] "indexerId"
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    #> [1] "source"
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    #> [1] "https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP2882"
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    #> [[4]]$fields$x.id$name
    #> [1] "x.id"
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    #> [[4]]$fields$x.id.database$name
    #> [1] "x.id.database"
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    #> [[5]]$score$`0`
    #> [1] "0.3954063"
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    #> [[5]]$fields$source$name
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    #> [[5]]$fields$x.id$name
    #> [1] "x.id"
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    #> [1] "ENSG00000232810"
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    #> [[5]]$fields$x.id.database$name
    #> [1] "x.id.database"
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    #> [1] "ENSG00000232810:En"
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    #> [1] "WP4066"
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    #> [1] "https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP4066"
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    #> [[5]]$name
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    #>
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    #> [1] "Homo sapiens"
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    #> [1] "101615"
    #>
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    #> [[6]]$score
    #> [[6]]$score$`0`
    #> [1] "0.3954063"
    #>
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    #> [[6]]$fields$graphId
    #> [[6]]$fields$graphId$name
    #> [1] "graphId"
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    #> [1] "f06cd"
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    #> [1] "id"
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    #> [[6]]$fields$id.database$name
    #> [1] "id.database"
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    #> [1] "ENSG00000232810:En"
    #>
    #>
    #> [[6]]$fields$indexerId
    #> [[6]]$fields$indexerId$name
    #> [1] "indexerId"
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    #> [[6]]$fields$indexerId$values
    #> [1] "org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttps://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP4066"
    #>
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    #> [[6]]$fields$source$name
    #> [1] "source"
    #>
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    #> [1] "https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP4066"
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    #> [[6]]$fields$x.id$name
    #> [1] "x.id"
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    #> [1] "ENSG00000232810"
    #>
    #>
    #> [[6]]$fields$x.id.database
    #> [[6]]$fields$x.id.database$name
    #> [1] "x.id.database"
    #>
    #> [[6]]$fields$x.id.database$values
    #> [1] "ENSG00000232810:En"
    #>
    #>
    #>
    #> [[6]]$id
    #> [1] "WP4066"
    #>
    #> [[6]]$url
    #> [1] "https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP4066"
    #>
    #> [[6]]$name
    #> [1] "Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling"
    #>
    #> [[6]]$species
    #> [1] "Homo sapiens"
    #>
    #> [[6]]$revision
    #> [1] "101615"
    #>
    #>
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    #> [[7]]$score$`0`
    #> [1] "0.3954063"
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    #> [1] "graphId"
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    #> [1] "e3592"
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    #>
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    #> [[7]]$fields$id$name
    #> [1] "id"
    #>
    #> [[7]]$fields$id$values
    #> [1] "ENSG00000232810"
    #>
    #>
    #> [[7]]$fields$id.database
    #> [[7]]$fields$id.database$name
    #> [1] "id.database"
    #>
    #> [[7]]$fields$id.database$values
    #> [1] "ENSG00000232810:En"
    #>
    #>
    #> [[7]]$fields$indexerId
    #> [[7]]$fields$indexerId$name
    #> [1] "indexerId"
    #>
    #> [[7]]$fields$indexerId$values
    #> [1] "org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttps://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3980"
    #>
    #>
    #> [[7]]$fields$source
    #> [[7]]$fields$source$name
    #> [1] "source"
    #>
    #> [[7]]$fields$source$values
    #> [1] "https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3980"
    #>
    #>
    #> [[7]]$fields$x.id
    #> [[7]]$fields$x.id$name
    #> [1] "x.id"
    #>
    #> [[7]]$fields$x.id$values
    #> [1] "ENSG00000232810"
    #>
    #>
    #> [[7]]$fields$x.id.database
    #> [[7]]$fields$x.id.database$name
    #> [1] "x.id.database"
    #>
    #> [[7]]$fields$x.id.database$values
    #> [1] "ENSG00000232810:En"
    #>
    #>
    #>
    #> [[7]]$id
    #> [1] "WP3980"
    #>
    #> [[7]]$url
    #> [1] "https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3980"
    #>
    #> [[7]]$name
    #> [1] "Protein alkylation leading to liver fibrosis"
    #>
    #> [[7]]$species
    #> [1] "Homo sapiens"
    #>
    #> [[7]]$revision
    #> [1] "96718"
    #>
    #>
    #> [[8]]
    #> [[8]]$score
    #> [[8]]$score$`0`
    #> [1] "0.3954063"
    #>
    #>
    #> [[8]]$fields
    #> [[8]]$fields$graphId
    #> [[8]]$fields$graphId$name
    #> [1] "graphId"
    #>
    #> [[8]]$fields$graphId$values
    #> [1] "ad6ae"
    #>
    #>
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