#NEXUS 
[MacClade 3.01 registered to Equator, UCMP]

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Emilian_huxleyi    TCATATGCT-GTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCGACT--A-TACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATGGTTTATTTGATGGTACCTTGCTACTT---GGATAACCGTAGTAA-TTCTAGAGCTAATACATGCAGGAGTTCCCGACTCAC--GG-AGGGATGTATTTATTAGATAAGAAACCAAACCGG---TCT-CCGGTTGC-GTGCTGAGTCATAATAACTGCTCGAATCGCACGGCTC-TACGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAGCTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGCGTTAACGGGTAACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATGGCTACCA-CATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAAATTGCCCGAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCTATTT-TAGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTACATCTCTTCACGA-GGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAACGCTCGTAGTCGGATTTCGGGGCGGGCCGACC-GGTCTGCCGAT-GGGTATGCACTGGCCGGCGCGTCCTTCCACCCGGAGACCGCG------CCTACTCTTAACTGAGCGGGCGCGGGAGAC---GGGTCTTTTACTTTGAAAAAATCAGAGTGTTTCAAGCAGGCAGTCGCTCTTGCATGGATTAGCATGGGATAATGAAATAGGACTCTGGTGCTATTTTGTTGGTTTCGAACACCGGA-GTAATGATTAACAGGGACAGTCAGGGGCACTCGTATTCCGCCGAGAGAGGTGAAATTCTCAGACCAGCGGAAGACGAACCACTGCGAAAGCATTTGCCAGGGATGTTTTCACTGATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCG-TCGTAGTCTTAACCATAAACCATGCCGA-CTAGGGATTGGAGGATGTTCCATTTGTGACTCCTTCAGCACCTTTC-GGGAAACTAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA-CCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATTGTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCGATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTT-AATTCCGTTAACGAACGAGACCGCAGCCTGCTAAATAGCGACGCGAACCCTCCGTTCGCTGG------AGCTTCTTAGAGGGACAACTTGTCTTCAACAAGT----GGAAGTTCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCACTCAACGAGTCTATCACCTTGACCGAGAGGTCCGGGTAATCTTTTGAAATTGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAACTATTAATCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTGTGTCATCAGCGCACGTTGATTAC-GTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGATCCGGTGAGGCCCCCGGACTCGGGCGCCGCAGCTGGTTCTCCAGCCGCGACGCCGGGAAGCTGTCC-------GAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCAGAAGGATCAAGC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [2122]
Anemonia_sulca     TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGC-ACTT--GTACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATTGTAC--GTTTACTACTTGGATAACCGTGGTAA-TTCTAGAGCTAATACATGCGAAGAGTCCCGACTTC--TGGAAGGGATGTATTTATTAGATTCAAAACCAATGCGGG-TTCTGCCCGGTGCTTTGGTGATTCATAGTAACTGATCGAATCGCATGGCCT-TGCGCTGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTGTCGATGGTAAGGTGTTGGCTTACCATGGTTACAACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCA-CATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCC-AATCCTGACTCAGGGAGGTAGTGACAAGAACTAACAATACAGGGCTTTTGTAAGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAACTTAAATCCTTTAACGA-GGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACTTCGGGGTGGCACGGCC-GGTCCGCCGCA-AGTGTGTCACTGGCCGGGCCGCTCTTCTTCGCAAAGACCGCGTGT------GCTCTTGACTGAGTGTGCGCGGGAGTT---GCGACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC--CAGCGCTTGAATACATAAGCATGGAATAATGGAATAGGACTTGGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTGGAACCTGAAGTAATGATTAAGAGGGACAGTTGGGGGCATTCGTATTC-GTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACGAAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGAGGCTCGAAGACGATCAGATACCG-TCCTAGTTATAACCATAAACGATGCCGA-CTAGGGATCAGAGAGTGTT-ATTGGATGACCTCTTTGGCACCTTAG-GGGAAACCAAAGTTTTTGGGTTTCGGGGGGAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA-CCACCAGGAGTGGAGCCTGCG-CTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAGGAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTT-AATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGTTACGCCCATCGCGATGGGCAACT------AACTTCTTAGAGGGACTGTTGGTGTTTAACCAAAGTCAGGAA------GGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGACGATGTCAACGAGTCTCT--CCTTGGCCGAAAGGTCTGGGTAATCTTCTCAAACATCGTCGTGCTGGGGATAGATCATTGCAATTTTTGATCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTAC-GTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGGACTCCTGATTGGCGCCGCGCCCCGGCCACGGAGCAGCGGACTGCC------GAGAAGTTGTTCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [2122]
Glycine_max        TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGTAAGTATGAACTAATTCA-GACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTATC-TACTACTC---GGATAACCGTAGTAA-TTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAACCCCGACTTC--TGGAAGGGATGCATTTATTAGATAAAAGGTCAACACAGGC-TCTGCCTGTGCT-TTGATGATTCATGATAACTCGTCGGATCGCACGGCCTTTGTGCCGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCA-CATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCC-AATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTC-ATTGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGATGGATCCATTGAAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGTTGGGTCGATC-GGTCCGCC-TCC--GTGTGCACCGGTC-GGCT--GTCCCTTCTGCCGGCGATGCG---CTCCTGTCCTTAACTGGCCGGG-TCGTGCC-TCC-GGTGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGC-CTACGCTCTGTATACATTAGCATGGGATAACACCACAGGATTCTGATCCTATTGTGTTGGCCTTCGGGATCGGA-GTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCG-TCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGA-CCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCTGGCACCTTAT-GAGAAATCGAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA-CCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCT-AATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGG-TTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCCTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTT-AATTCCGTTAACCAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGCTAT--------------------------AGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGCTTAGGCCAC----GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACGAGTCTATAGCCTTGGCCGACAGGTCCGGGTAATCTTTG-AAATTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTAC-GTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTCC---GGTGAAGTGTTCGG--ATTGCGGT-------------------------------GAGAAGTCCACTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAG???????????????????????????????????GACCCTGAT?CTTCT?TGAAGGGTTC?GAGTGAGAGCA?TACCTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACT?TGCCTGAGCGGGG?CGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCCC?GCAGCGATACTGACGTGCAAATCG?TTCGTCTGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCGTGCG?GG?GGCCCCGGAAAGAGTTATCTTTTCTGTTT?AACA?GCCT?GCCC?ACCCTGGAAA?GCCTCAGCCGGAG??GTAGGGTCCAGCGGCTGGA?AGAGCACCGCACGTCGCGTGGTGTCCGGTGCCCC?C???GGC??GGCCCTTGA   [2074]
Oryza_sativa       TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGCAAGTATGAACTAATTC-GAACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTACG-TGCTACTC---GGATAACCGTAGTAA-TTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAACCCCGACTTCC-GGG-AGGGGCGCATTTATTAGATAAAAGGCTGACGCGGGC-TCCGCCCGCGAT-CCGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCACGGCCCTCGTGCCGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGGGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCA-CATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCC-AATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCGCTTTAGTGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGA-GGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGCGCGGCCGGGCCGGTCCGCC-TCACGGCAGGCACCGACCTGCT--CGACCCTTCTGCCGGCGATGCG---CTCCTGGCCTTAACTGGCCGGGTTCGTGCC-TCC-GGCGCCGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGC-CATCGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTCCGGTCCTATTGTGTTGGCCTTCGGGATCGGA-GTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCG-TCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGA-CCAGGGATCGGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCCGGCACCTTAT-GAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA-CCACCAGGCGTGGGGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGCAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTT-AATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTATGCGGAGCCATCCCTCCGCAGCT----AGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAC----GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG--CGCACGCGCGCTACACTGATGTATCCAACGAGTATATAGCCTGGTCCGACAGGCCCGGGTAATCTTGGGAAATTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTAC-GTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTCC---GGTGAAGTGTTCGG--ATCGCGGCGACGGGGGCGGTTCGCCGCCCCCGACGTCGCGAGAAGTCCATTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAG???????????????????????GCACCGCTGGCCGACCCTGAT?CTTCTGTGAAGGGTTC?GAGTTGGAGCA?CGCCTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCGGGG?CGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTC?GAAGCGATACTGACGTGCAAATCG?TTCGTCTGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATGCG?GG?GGCCTCGGG?AGAGTT?TCTTTTCTGCTT?AAC?GGCCC?GCCA?AC?CTGGAAACGGTTCAGCCGGAG??GTAGGGTCCAGCGGC?GGAGAGA???GCACACGTCGCGCGGTGTCCGGTGCCCC?C???GGC??GGCCCTTGA   [2134]
Zamia_pumila       TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGTCAGTATGAACTATTTT-GGACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTCTTTGATGGTACTCTGCTACAC---GGATAACCGTAGTAA-TTCTAGAGCTAATACGTGCACCAAATCCCGACTTTT-TG-AAGGGACGCATCTATTAGATAAAAGGCCGATGCGGGC-TTTGCCCGGCGT-TTGGTGAATCATGATACCTTGATGGATTGCATGGCCCTCGAGCCGGCGACGCTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGCAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCCGAGAAACGGCTACCA-CATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCC-AATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACTGGGCTCATC-GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGA-GGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTTGGGACGGCCCGGCC-GGTCCGCT-TTTTTGGGTGTGCACCGGCCGTTTCGTCCCTTTTGTTGGCGGCGCG---CACCTGGCCTTAACTGTCTGGG-TCGCGGT-TCC--ACGCTGTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGC-TTATGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACGGTATAGGATTCTGGTCCTATTGCGTTGGCCTTCGGGACCGGA-GTAATGATTAACAGGGACGGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACCACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCG-TCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGA-CCAGGGATCGGCGGATGTTGCTCTAAGGACTCCGCCGGCACCTTAT-GAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA-CCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGCAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTT-AATTCCGTTAACGAACGAGACCTCGGCCTGCTAACTAGCTACGCGGAGGGTTTCTTTCGTGGCC----AGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAT----GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACGAGTCTATAACCTGGGCCGGGAGGTCCGGGAAATCTGGCGAAATTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTATTGATCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTAC-GTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGATCC---GGTGAAGTGTTCGG--ATCGTGCCGACGACGGCGGTTCGCTGGGCGCGACGTCGCGAGAAGTTCATTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [2134]
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Atrichum_angus     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATTAAATCAGTTATAGTTTCTTT-ATGGTACCTTGCTACTC---GGATAACCGTAGTA--TTCTA-AGCTAATACGTGCACAAACTCCCGACCTC--TGGAAGGG-CG-TTTTATTAGATAAAAGGCCGATGC-GGC-TT-GCCCGGTAT-TCGGTGACTCA-GATAACTCGTCGAATCGCACGGCCTTA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGAATT----TTCGATTCCGGA-AGGGAGCCTGAGAA-CGGCTACCA-CATCCA---AAGGCAG-?-??-?-?--ATT-CCC-AATCC-GAC--GGGGAGGTAGT-ACAATAAATAACAATACTGGGCTTTTACAAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAA--A??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAG???GAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCG-TCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGA-CTAGGGATTTGCGGGTGTTAATTTGATGACCCCG-AAGCACCTTAT-GAGAAATC-AAGTATTTGGGTTCCGGGGGGAGTATG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGT-GTGCATGGCCGTT-TT-GTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTT-AATTCCGTTAAC-AACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGTTACACGAAGAATC-TCTTTGTGGCC----AACTT-TTAGAGGGACTATTGGCGTCT-GCCAAT----GGAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATAGATCATTGC-ATTATTGATCTTCAA--A-GAATTCC-AGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTAC-GTCCCTGCCCTTTGTACACACC-CCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTCC---GGTGAAGTTTTCGG--ATCG--GG-TG-ATCGGGTT-G-GTTCGG?GACTTGT--GAGAA-TTCATTAAA--TTATCATTTAGAGGAA??????????????????????????????????????????????????GCAC?AT?GACCGACCGTGAT?CTTCTGTGAAAGGTTT?GAGTGTGAGC??T?CCTGCTGGGACCC??AAGATGGTGAACTATGCCTGAGC?AGG?CGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTC?G?AGC?ATACTGACGTGCAAATCG?TTCGTCAGACTTGGG?ATA????C?AAAGACT?ATCGAACCATGCG?AG?GGCCCCGGGAAGAGTTCTCTTTTCT?TTT?AACA?GCCT?GCCT??CCCTGGAATCGGATTACC?GGAG??ATAGGGTCCAGCGGCTGGT?AAAGCACCGCAC?TCTTGCGG?GTCCGGGGCCC??C???GGC??GGCCCGTGA   [2095]
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Chlamydom_moew     ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATTAAATCAGTTATAATTTATTTGATGGTAC-TTACTACTT---GGATAACCGTAGTAA-TTCTAGAGCTAATACATGCGGATAATCCCAACTTC--TGGAAGGGACGTATTTATTAGATAAAAGGCCAGC-CGTGC-T-TGCACGATCC-TGGTTGATTCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTT-GTGCCGGC??????????????????????????????????????????????????????????????????ACGGCTGAC----AATCAGGGTTCGATTCCGG-GAGGGAGCCT-AG---CGGCT-CCA--ATCC--GGAAGGC-GC-?-CGCGT-AATTACCC-AATCC------GGGGAGGT--TGACAATAAATAACAATA-TCGGGCATCCAATGTCTGATAATTGGAATG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGAAATTCTTGGATTTCGGAAAGACCTACCACTGCGAA?GCATTTGCCAAGGATGTTTTCATT?ATCAAGAA?GAAAGTAGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCG-TCGTAGTCTCTACCATAAACGATGCCGA-CCAGGGATTGGCAGGTGTTCCTTTGATGACCCTGCCAGCACCTTGA-GAGAAATCAGAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGATT?AGAGCTCTTT?TTGATTCT-TGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCGGCGGTCCTTTCTGGATCGCCTC-----GACTTCTTAGAGGGACTATTGACGTT-TAGTCAAT---GGAAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-?????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGAATGCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTAC-GTCCCTGCCCTTTGTACWYWC-GCCCGTYGCTCCTACCGATTGGGTG-TGC--TGGTGAAGTGTTCGG--ATTGGCTTTGAGGGG-TGG-CAACTCCCCAG-AGCC---GAGAAGATCATTAAACCCTCCCACCTAGAG???????????????????????????????????????????????????????????TCGACCGACC?TAGAGCTTCTGCGAAAGGTTT?GAGTGCGAGCA?TA?ATGTTGGGACC????AGATGGTGAACTATGCCTGGGCAGGG?TGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTC?GTAGATGTGCTGACGTGCAAATCG?CTTTTCTGACCTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCAT?CTAGTA???????????????????????????????CACCGCTC?GAAA?GCCCTGGAATCG?AT?ATTCGGAG??ATCGGGCTT?GCCGCTGGG?AAAGCCTCT?AGTTTTGA?GGTGTCCCGTGCGCC?GAT??AC??GATCCTT?A   [2111]
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Characium_per      TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTT-A-TACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACC-TACTACTC---GGATAACCGTAGTAA-TTCTAGAGCTAATACGTGC-GTAAATCCCGACTTC--TGGAAGGGACGTATTTATTAGATAAAAGGCCGAC-CGGGC-T-TGCCCGACTC-GCGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCACAGCCTT-GTGCTGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAACGTAGTGGGTTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCA-CATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCC-AATACTGACACAGTGAGGTAGTGACAAAAAATATCGATGGTGGGCTCTTTCGAGTTTGCCAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGA-GGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGTGGGCGGAGCC-GATCTGCCCTTTGGGTATGCATTGGCTTTGC---CTATCTTGCTGCCGGGGA-GGCG-CTCCTGGGCTTCATTGCTCGGG-ACGTTTAGTC--GGCGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC-CTACGCTTTGCATACATCAGCATGGAATATCACGAGAGGACTCTGG-CCTATCTTGTTGGTCTGTGGGACCGGA-GTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCG-TCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGA-CTAGGGATTGGCGGACGTTCATTCGATGACTCCGCCAGCACCTTAT-GAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA-CCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTC-C--------------------------GACTTCTTAGAGGGACTTTCGGCG-TTTAGCCGAA---GGAAGTGTGAGGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGACGCATTCAACGAGTCTAT--CCTTGGCCGAGAGGTCCGGGTAATCTGAG-AAACTGCGTCGTGACGGGGCTAGATTATTGCAATTATTAATCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTAC-GTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGGGTG-TGC--TGGTGAAGTGTTCGG--ATCGGCT??????????????????????????????--GAGAAGTTCATTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [2100]
Parietochl_pse     TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTT-A-TACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACC-TACTACTC---GGATAACCGTAGTAA-TTCTAGAGCTAATACGTGC-GCACATCCCGACTTC--TGGAAGGGACGTATTTATTAGATTAAAGGCCGAC-CGGGC-TCTGCCCGACTC-GCGGTGACTCATGATAACTTCACGAATCGCAT-GCCTTCGTGCCGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCA-CATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCC-AATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACTATGCTTGGCTC-TTCGAGTCGGGCAATAGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGA-GGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGTGGGTCGCGCC-GGTCCGCCGTTTCGGTGTGCACTGGCGTGGC---CCACCTTGCTGCCGGGGACGGG--CTCCTGGGCTTCACTGTCCGGG-ACTCGGAGTC--GGCGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC-CTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACACGATAGGACTCTGG-CCTATCTTGTTGGTCTGTGGGACCGGA-GTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCG-TCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGA-CTAGGGATTGGCGGATGTTTTATCGATGACTCCGCCAGCACCTTAT-GAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAAGGGCAGCCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATGTGAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTCGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCAC--------------------------GACTTCTTAGAGGGACTCTCGGCG-ACTAGCCGAT---GGAAGTGTGAGGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGCCTAG--CCTTGGCCGACAGGCCCGGGTAATCTTGC-AAACTGCATCGTGATGGGGCTAGATTATTGCAATTATTAATCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGGCCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTAC-GTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGGGTG-TGC--TGGTGAAGTGTTCGG--ATTGGCC??????????????????????????????--GAGAAGTTCATTAAACCCTCCCACCTAGAGTAAGCAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????   [2104]
Friedmannia_is     TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTTTA-TACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACC--CTTACTC---GGATAACCGTAGTAA-TTCTAGAGCTAATACGTGC-GTAAACCCCGACTTC--TGGAAGGGGCGTATTTATTAGATAAAAGGCCGAC-CGGGC-TTTGCCCGACTC-GCGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTT-GTGCCGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTTGGATAGAGGCCAACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAGACGGCTACCA-CATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCC-AATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTTTTTCAAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGA-GGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGTGGGCGCTACC-GGTCCGCCGATTCGGTGTGCACTGGTCGCGC---CCATCTTGCTGCCGGGGACAGG--CTGCTGGGCTTAACTGTCTGGC-ACCTGGAGTC--GGCGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC-CTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACACGATAGGACTCTGG-CCTATCTCGTTGGTCTGTGGGACCGGA-GTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTTCTGCGAAAACGTTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCG-TCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGA-CTAGGGATTGGCGGGTGTTCTATCGATGACCCCGCCAGCACCTTAT-GAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA-CCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCAC--------------------------GACTTCTTAGAGGGACTTTTGGCGCCTTAGCCAAA---GGAAGTGTGAGGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCAATCAACGAGCCTAT--CCTTGACCGACAGGTCCGGGTAATCTTTG-AAACTGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTATTAATCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTAC-GTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGGATG-TGC--TGGTGAAGTGTTCGG--ATTGGCC??????????????????????????????--GAGAAGTTCTCTAAACCCTCCCATCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGATGGTG??CTATGCCTGAGC??GG?CGAAGC?AGAGGA???TCTGGTGGAGGCTC?G?AGATGTGCTGACGTGC?AATCG?CTTTTC?GACTTGG???TAGGGGCGAAAGACTCATC?AACCAT??????????????GG?AGAGTTCTCTTTTCTTCTT?AACAA?CCC?GAAG?G?CCTGGAATCGGCTCATCCGGAG??ATAGGGCTC?GAGGTT?GT?AAAGCACTGCACT????GCAGT?TCCGGAGCGCC?ATT?GAG?CGGCCCTTGA   [2103]
;
END;


BEGIN CODONS;
GENCODE UNIVNUC
;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	OPTIONS  DEFTYPE=unord PolyTcount=MINSTEPS ;

	EXSET  gaps+unalignsites  =  50-55 110-122 171-176 214-220 228-232 267-280 482-489 657-663 676-690 699-713 729-731 737-743 782-785 1362-1391 1416-1429 1691-1695 1709-1755;
	EXSET  LSU  =  50-55 110-122 171-176 214-220 228-232 267-280 482-489 657-663 676-690 699-713 729-731 737-743 782-785 1362-1391 1416-1429 1691-1695 1709-1755 1834-2179;
	EXSET  SSU  =  1-1833;


	TAXSET landplants=3-14 17 18;
	TAXSET chlorophytes_s.l.=19-61;
	TAXSET LSU_only=3-4 7-10 12-33 39-44 57 58 61;
END; 



BEGIN MACCLADE;
v 3.0
-1322665249
1000&/0
0
0
END;
