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s panTro1.chr9 95004739 92 + 136640551 GCATGAAGTACAC--AACTGAAACT--------------CAAATTTTTATTCCTTCCACAGAAAACACTAGAGAAACTTCGAGCCAAAAATACATGCTGACTTTCTAG-------
s rheMac2.chr14 92292436 94 + 133002572 GCCTGAAGTACAC--AACTGAAACT------------ACTAAATTTTTATTCCTTCCACAGAAAACACTAGAGAAACTTCGAGCCAGAAATACATGCTGACTTTCTAG-------
s bosTau2.chr29 546604 103 + 45822729 GTCTAAGGCACAT-----CGGAGCCTGATACTAATAATAACTGATACTATTTCCTCCACAGAAAACATTAGAGAAGCTTCGAGCCAGAAATATATGCTGACTTTCTGC-------
s canFam2.chr21 44002629 106 - 54024781 GTCTAGGGTATAC-----TGCAGC----TGTTAACTGCATTTAATTTTTGTTCCTCTACAGAAAACACTAGAGAGACTTCGAGCCAAAAATACGTGCTGACTTTCTACTAAAGGT
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s panTro1.chr9 95004955 72 + 136640551 GATCCTCTAAAGAGCTGGAGTCAAAAGATTTATCTTCAAGTTTGCCCTGAAG--AAGAGAA-ATTTTGATTAACC
s rheMac2.chr14 92292658 68 + 133002572 GATCCCCTAAAAAGCTGGAGTCAAAAG----ATCTTCAAGTTTGCCCTGAAG--AAGAGAA-ATTTTGATTAACC
s bosTau2.chr29 546812 59 + 45822729 GCTCC--------------TCCAGGGTTGTCATCTTCAAGGTAGCCCTGAAG--GAGAGTAGATACTGGTTAAAT
s canFam2.chr21 44002892 67 - 54024781 GTTCCACCAAA--------GCCAGAGTGATGATCTTCAAAATAGCACTGAGGACGAAAGCAGACACTGGTTAAAT
s dasNov1.scaffold_2894 16535 55 + 85457 ATTCCTCTGAA--------GCTTGAAACAAGATCTTCAAGATAGCCTAGAAA--AGAAAAA-AATT---------

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s hg18.chr11 93103325 102 + 134452384 GTTT------TATATCTC-C-TCAGG---AAAACATAGCACCA--AACATTAGGAGTGC-TATGGCTTCCTATAGAGAACTTCCATCTTTGGTCACAGCGTTAAGAGCTCTGGGTT
s dasNov1.scaffold_192792 1426 95 + 5195 ACCT------TGTAGCTCTC-TCAGGAAAAAAACAAAGCACT------------AGTG--TCTGTCGTCCTGTGGAGAACCTTAATCTTTGGTCACAGCGTTAAGAGCTCCTGGTT
s canFam2.chr21 44003001 105 - 54024781 AGCTAAATCCTGTATCTC-C-TCAGG-AAAAAACATAGCACTATTG--------AGTAACTATTACATCCTATGGAGAACTCCAATATTTGGTCACAGCGTTAAGAGCTCTTGGTT
s bosTau2.chr29 546921 97 + 45822729 GGCT------TGTATCTC-CATCAGG---AAAACATAGCACTATCA--------AGTGACTATTATATCCAATGGAGAA-TTCAGTCTTTGGTCACAGCGTTAAGGGCTCCAGGAT
s oryCun1.scaffold_215179 58563 100 + 62759 ATCT------TGTATCTC-C-TCAGG---AAAACACAGCACTACTACTG-----AGTGATTATGGCATCCTGTGGAGAACATCAGTCTTTGGTCACAGCGTTAAGAGCTCTTGGTC
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s hg18.chr11 93103350 112 + 134452384 AGCACCA--AACATTAGGAGTGC-TATGGCTTCCTATAGAGAACTTCCATCTTTGGTCACAGCGTTAAGAGCTCTGGGTTTCACAGCCTCATAAGCCCTCTTTGAAATGACCCAT--
s dasNov1.scaffold_192792 1455 99 + 5195 AGCACT------------AGTG--TCTGTCGTCCTGTGGAGAACCTTAATCTTTGGTCACAGCGTTAAGAGCTCCTGGTTT--CAGTCCCACAAGCCCTCTTTGAAATGACCTAT--
s canFam2.chr21 44003034 107 - 54024781 AGCACTATTG--------AGTAACTATTACATCCTATGGAGAACTCCAATATTTGGTCACAGCGTTAAGAGCTCTTGGTTT--TAGTCCCACAAGCCCTCTTTGAAATGACCTACTG
s bosTau2.chr29 546947 104 + 45822729 AGCACTATCA--------AGTGACTATTATATCCAATGGAGAA-TTCAGTCTTTGGTCACAGCGTTAAGGGCTCCAGGATT--TGGTCCCATCAGCCCTCTTTGAAATGACCTAC--
s oryCun1.scaffold_215179 58588 110 + 62759 AGCACTACTACTG-----AGTGATTATGGCATCCTGTGGAGAACATCAGTCTTTGGTCACAGCGTTAAGAGCTCTTGGTCTCATGGCTCCACAAGCCCTCTTTGAAATGACCTTT--
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s canFam2.chr21 44003066 103 - 54024781 GAACTCCAATATTTGGTCACAGCGTTAAGAGCTCTTGGTTT--TAGTCCCACAAGCCCTCTTTGAAATGACCTACTGCAAGGTATTTTTTCAAATGTGCACATAC
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s rn4.chr8 116924867 98 - 129041809 ATCAATCTTTGGTCACAGCGTTAAGAGCTTTTGGTTTTACAG-CCACCAAGCCCTCTTTGAAATGACCTTC--GCTACCCGCTTCCCA----TACACATACCTTT
s rheMac2.chr14 92292829 102 + 133002572 TTCCATCTTTGGTCACAGCGTTAAGAGCTCTGGGTTTCACAGCCTCATGAGCCCTCTTTGAAATGACCTAT--ACAAATGTCTTTTCTAATGCATACATACC-TT

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s hg18.chr11 93103792 112 + 134452384 AACTGTTCCCAATAAGCTGATTGCTAGCAAAGTAGCAGATA-G-AAAACCTACTGG--GAAATT-TTTTTATGGTCATGTCCACAGCAAATGAGAAACTGCATTCTAAAAGCCTTGG
s rn4.chr8 116925096 113 - 129041809 AAATGTTCCCAACAGGTTAAGTGCTACTCAAGTAGCATATG-G-AAAACCTAATGG--GAATTTTTCTTTATGGTCATGTCCACAGCAAATGAGAAACTGCATTCTAAAAGCCTTGG
s bosTau2.chr29 547350 114 + 45822729 AAATGTTCCCAACAGGCTGTATGCTAACAAAGTAGCAGGAA-GAAAAACCTAGTTG--GGATTTTGTTTTACGGTCATGTCCACAGCAAATTAGAAACTGCGTTCTAAAAGCCTTGG
s dasNov1.scaffold_2894 17074 112 + 85457 GAATGTTCCCAACAGGCTGAAGGCTAGCAAGGTAGCAAA-A-G-AAAGCCCAGTGG--AGAGTTTTTTTTATGGTCAACTCCACAGCAAATCAGAAACTGCATTCTAAAAGCCTTGG
s echTel1.scaffold_316886 80434 112 - 105239 CAATGTCCCCAATCGGTTATATGCTAGCAAGGTAGCAAAAACA-AAAACCTCCTGG--GAAATTGT--CTATGGTCATGTCCACAGCAAATCAGAAACCACATTCTAAAAGCCTTGG
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s hg18.chr11 93103815 100 + 134452384 CTAGCAAAGTAGCAGATA-G----AAAACCTACTGGGAAATT-TTTTTATGGTCATGTCCACAGCAAATGAGAAACTGCATTCTAAAAGCCTTGGTAATGACCATT
s rn4.chr8 116925119 98 - 129041809 CTACTCAAGTAGCATATG-G----AAAACCTAATGGGAATTTTTCTTTATGGTCATGTCCACAGCAAATGAGAAACTGCATTCTAAAAGCCTTGGTAATGACC---
s canFam2.chr21 44003445 105 - 54024781 CTAGCAAACTAGCAAAAA-GGAAGAAAACCTAACGGGAAAATTTTTTTATGGTCATGTCCACAGCAAATGAGAAACTGCATTCTCAAAGCCTTGGTAATGACCATT
s dasNov1.scaffold_2894 17097 100 + 85457 CTAGCAAGGTAGCAAA-A-G----AAAGCCCAGTGGAGAGTTTTTTTTATGGTCAACTCCACAGCAAATCAGAAACTGCATTCTAAAAGCCTTGGTAATGACCAGC
s loxAfr1.scaffold_17974 29100 99 + 49915 CTAGCAAGGTCGCAAAGA-G----AAAACCTAGTGGGAGGTTTTTATTACCGTCAAGTCCACAGCAAATC--AAACTGCATTCTAAAAGCCTTGGTAATGACcttt
s echTel1.scaffold_316886 80457 100 - 105239 CTAGCAAGGTAGCAAAAACA----AAAACCTCCTGGGAAATTGT--CTATGGTCATGTCCACAGCAAATCAGAAACCACATTCTAAAAGCCTTGGTAATGACCACT

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s hg18.chr11 93104219 79 + 134452384 TTCATATCCGAA-TTTGCTCTATGA-T---CATGTTTCTGG-TAACTTTTACCTTTG------------AGCTTTTATAATCTTCTGAAATACAATG
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s rheMac2.chr14 92293668 61 + 133002572 TTCACATCCGAA-TTTGCTCTATGA-T---CATGTTTCTGGTTAACTTTTACCTTC-------------------------------AAATACAATG
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s dasNov1.scaffold_2894 17483 84 + 85457 TTCACATCTGAA----CCAACATAACT---GAGTTTTTATGATTACTCTGAAACATGCTAATTTCAAAAAAATTTTCTAACATTTTAAAAC------

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s canFam2.chr21 44003873 97 - 54024781 ----------ATGGTTAACTTTTACATTTAGATGGATGTTCAGAAAGGCTACTTTCATTCAGCCCATTCAGAGCAGTTGAACATTTTGCCTGTCATCATAACATCAC
s dasNov1.scaffold_2894 17567 95 + 85457 ----ACAGCCTAATTTAATGT--------GGATGGATGTTCAGAAAGGCTGCTTTCATTCAGCCCATTCAGAGCAGTTGAACATTTTGCCCATCATCATAACATCAT
s rn4.chr8 116925422 78 - 129041809 -----------------------------ACACAGATGTTCAGAAAGGCTACTTTCATTCAGCCCATTCAGAGCAGTTGAACATTTTGCCCATCATCACAACATCAT
s echTel1.scaffold_316886 81342 91 - 105239 --------CAATCTTTAATGT--------ACATGGATGTTCAGAAAGGCCATTTTCACTCATCCTATTCAGAGCAGTTGAACAATTTGCCTGTCATCATAACATCCC

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s hg18.chr11 93104311 99 + 134452384 --AAATGGATGTTCAGAAAGGCCATTTTCATTCAGCCCCTTCAGAGCAGTTGAACATTTCGCCCATCATCATAACATCGT-------TAATAATGAAGTTTAAACACA
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s oryCun1.scaffold_215179 59429 92 + 62759 ------GGATGTTCAGAAAGGCTATTTTCATTCAGCCCATTCAGAGCAGTTGAACATTTGGCCCATCATCATGACATCAC-------TCTTAATCATG---ATACACA
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s panTro1.chr9 95007214 108 + 136640551 ACTCTAGTCTTTGCCTAATCTTTGCCCAGTCTCT-CTATAAAAC--TTAAAGATGGAATATATACATGTAACTTAACAGAT----CAGACTACAAACT-----GGTCAAGCTCATTGTTG
s rheMac2.chr14 92295015 108 + 133002572 ACTCTAGTCTTTTCCTAATCTTTGCCCAGTCTCC-ATAT--AAC--TTACAAATGGAATATATACATGTAACTTAACAGATCAAGCAGACTACAAAT-------GTCAAGCTCATTGTTG
s canFam2.chr21 44004926 97 - 54024781 TTCCTGTTATCTTTCCTATCTTTATATAATGTAC-ATACAGAACTATTAAGT----------------CAAATCACTAGAA----GAAATCATGCATTA--GAAATCAGGATCACAGTTG
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s panTro1.chr9 95007626 92 + 136640551 TTAAATATTTTACTTACC---TCTCAACATGAATGAGTTCAAATCACATTCATTCCTATAG--AA--AGTACCAATTAAAGATTTAGAAAGGATACATT
s rheMac2.chr14 92295427 92 + 133002572 TTAAATATTTTACTTACC---TCTCAACATGAATGAGTTCAAATCACATTCATTCCTATAG--AA--AGTACCAATTAAAGATTTAGAAAGGATATATT
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s panTro1.chr9 95007657 98 + 136640551 GAGTTCAAATCACATTCATTCCTATAGAA--AGTAC-CAATTAAAGATTTAGAAAGGATACATTTCCAGTTATTAA---AACTAAAACCCAAGTATAAATTTAA
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s panTro1.chr9 95007684 97 + 136640551 AA-AGTAC-CAATTAAAGATTTAGAAAGGATACATTTCCAGTTATTAA---AACTAAAACCCAAGTATAAATTTAAGATCCAGTT------------TATTATACAGCCATATC
s rheMac2.chr14 92295485 95 + 133002572 AA-AGTAC-CAATTAAAGATTTAGAAAGGATATATTTCCAGTTATTAA---AACTAATACCCAAGTATAAATTTAAGATCCAGTT--------------TTATATAGCCACATC
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s monDom4.chr4 174696038 108 - 430141050 ---ATTTGTTAG---AGCCAAAATCCCA-TATGGTCTGAAGATTCAGTAAGAACATTTTGGGGTCATATAGCTTAAGTCGGTTCTATCAGAATTCA-TTTCAGTTCATGTTTCT-AT

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s oryCun1.scaffold_215179 61048 90 + 62759 TGTAATTG-AA---CTT--CAAAAGATTCCACTGTCACCATTTAAAACTTACCTAAGCCAT--CACTCAAAA--A--TAAAACTTATCTGGGGTATTCCAAT
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