# Alignments

ACHTUNG! Diese Funktionalität ist noch nicht vollständig implementiert!

In der Alignment-Darstellung können mehrere (momentan maximal zwei) Sequenzen verglichen werden, wobei automatisch Insertionen, Deletionen und Mismatches angezeigt werden.

Im Einstellungs-Dialog, der beim Starten der Alignment-Funktion über das Menü "Werkzeuge/Alignment" oder über den Shortcut "Strg-G" angezeigt wird, können die zu alignenden Sequenzen sowie der Algorithmus ausgewählt werden. Zur Auswahl stehen:

- Smit-Waterman für lokale Alignments (z.B. eine kurze Sequenz, die mit einem Teil einer längeren alignen soll)
- Needleman-Wunsch für globale Alignments (z.B. zwei Sequenzen vergleichbarer Länge)

Bei längeren Sequenzen und auf langsamen Computer kann der Alignment-Algorithmus unter Umständen mehrere Minuten benötigen, um das Alignment zu berechnen!

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