# PCR und Primer Design

Die PCR-Funktion wird von einer DNA-Sequenz aus über das Menü "Werkzeuge/PCR" oder über das Kontextmenü der Plasmidkarte aufgerufen. Ist ein Teil der Sequenz markiert, bietet das Kontextmenu zusätzlich die Funktionen "Vorwärte", "Rückwärts" und "Beide" an, was sich auf die automatische Generierung von Anfangs- und End-Primern für die markierte Sequenz bezieht.

Die PCR-Anzeige besteht aus Primerliste und -Details, sowie einer Sequenzbereich. Letzterer ist in Blöcken zu 7 Zeilen arrangiert:

1. 5'-Primer
2. Original-DNA
3. Original-Aminosäure-Sequenz
4. Original-DNA (komplementär)
5. 3'-Primer
6. Restriktionsschnittstellen für die
7. resultierende DNA-Sequenz
8. resultierende Aminosäure-Sequenz

Dabei haben die Aminosäure-Sequenzen #3 und #7 setzt das gleiche Leseraster.

Die Primer können über das Menü "Ansicht/Editiermodus" bzw. F2 bearbeitet werden. Ob 5'- oder 3'-Primer bearbeitet werden, hängt von der letzten Auswahl mit der Maus ab.

Primer können über Buttons in der Toolbar exportiert und importiert werden. Exportierte Primer müssen gespeichert werden, was Namensänderungen ermöglicht. Um Primer zu importieren, müssen diese zunächst aus der Datenbank geladen werden.

Primer können auch semi-automatisch optimiert werden. Dazu wird über den Button "Bearbeiten" ein Dialog aufgerufen, in dem verschiedene Bedingungen für den Primer eingegeben werden können. Daraus wird dann automatisch eine Liste erstellt, in welcher der (nach Ansicht des Programms;-) beste Primer auf Position 1 steht. Dieser kann dann duch Doppelklick auf den Eintrag übernommen werden.

Über das Kontext-Menü kann in einem eigenen Dialog eine stille Mutation gesucht werden. Dazu muss eine Sequenz (normalerweise ein Primer) ausgewählt sein, und ein reading frame muss festgelegt worden sein, ansonsten steht die Funktion nicht zur Auswahl.

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