# Konstrukte bearbeiten

Konstrukte sind DNA-Sequenzen, die Vektoren, Restriktionsfragmente, Primer und manuell eingegebene Sequenzen umfassen. Ihre Verwaltung und Bearbeitung ist die Hauptfunktion von GENtle. Sie können aus der Datenbank oder aus Fremdformaten geöffnet oder direkt eingegeben werden.

## Konstruktkarte

Die Konstruktkarte stellt das Konstrukt graphisch dar, als Linie oder Kreis, je nachdem, ob das Konstrukt linear oder circulär ist. Auch werden Features und Restriktionsschnittstellen eingetragen.
Ein Doppelklick mit der linken Maustaste auf eine freie Stelle der Plasmidkarte zeigt die Eigenschaften des Konstrukts dar, und lässt deren Bearbeitung zu.

Im Vektor kann man mit der linken Maustaste einen Teil der Sequenz markieren.

### Features

Features sind definierte Bereiche des Konstrukts, wie z.B. Gene, codierende Sequenzen, oris (Origin of Replication). Diese werden farbig dargestellt.

Über die linke Maustaste, die Menüs bzw. Kontextmenüs (mit der rechten Maustaste auf Features klicken) können mehrere Aktionen ausgeführt werden:

- Feature verschieben (linke Maustaste)
- Feature bearbeiten (linke Maustaste, Doppelklick)
- Feature markieren (Kontextmenü oder mittlere Maustaste)
- Sequenz eines Feature ausschneiden bzw. kopieren (Kontextmenü)
- Feature als neues Konstrukt (Kontextmenü)

### Restriktionsschnittstellen

Restriktionsschnittstellen sind die Positionen in der Sequenz, an denen eines oder meherer der vorher festgelegten Restriktionsenzyme schneiden können.

Über die linke Maustaste, die Menüs bzw. Kontextmenüs (mit der rechten Maustaste auf die Restriktionsschnittstelle klicken) können mehrere Aktionen ausgeführt werden:

- Restriktionsschnittstelle verschieben (linke Maustaste)
- Restriktionsschnittstelle bearbeiten (linke Maustaste, Doppelklick)
- Restriktionsschnittstelle markieren (Kontextmenü)
- Restriktionsenzym zum Cocktail hinzufügen (Kontextmenü)
- Restriktionsenzym aus dem Cocktail entfernen (Kontextmenü)
- Mit dem Cocktail schneiden (Kontextmenü)
- Cocktail bearbeiten (Kontextmenü bzw. mittlere Maustaste)

### Leseraster

Mögliche Leseraster (Open Reading Frames, ORFs) können über Menü, Kontextmenü, oder die Taste F4 ein- und ausgeblendet werden. Über das Kontextmenü können ORFs auch geBLASTet und in neue Features (korierende Regionen) umgewandelt werden.

## Sequenz

Die Sequenz des Konstrukts enthält mehrere Zeilen, je nach Einstellungen:

- Die Features
- Die Aminosäuresequenz
- Die DNA-Sequenz
- Die Restriktionsschnittstellen

Über das Menü "Ansicht/Aminosäuren darstellen" kann die Ansicht der Aminosäuren verändert werden. Sie können entweder ganz ausgeblendet werden, in allen drei Leserastern als Ein-Buchstaben-Code dargestellt werden, per manuell festgelegtem Leseraster als Drei-Buchstaben-Code dargestellt werden, oder auf bekannte Leseraster beschränkt werden. Letztere finden sich z.B. für kodierende Sequenzen in GenBank-Dateien. Sind solche bekannten Leseraster vorhanden, wird beim Aufrufen eines Konstrukts der "nur bekannte Leseraster"-Modus verwendet, sonst der Ein-Buchstaben-Code.

Die Sequenz kann über das Menü "Ansicht/Editiermodus" (oder über die Taste "F2") zwischen Darstellungs- und Editiermodus umgeschaltet werden. Im Editiermodus füllt die Sequenz das gesamte Fenster aus. Die Sequenz kann nun wie in einer Textverarbeitung bearbeitet und verändert werden. Der Cursor kann mit Hilfe der Cursortasten oder der Maus bewegt werden.

Startseite